北京大学深圳医院儿科成立于1999年，随医院开业组建，经过20余年积淀和潜心发展，儿科已成为集医疗、教学、科研、预防保健为一体的临床综合性科室，为高水平医院重点建设科室。长期负责深圳市及周边地区广大儿童及新生儿主要医疗救治任务。
科室现有医生25人、护理人员40人。其中主任医师7人，副主任医师9人，博士5人，硕士12人，全部毕业于全国重点医学院校。有儿科学教授/副教授4名，研究生导师3名，每年培养硕士研究生3-5名。科室拥有中国医学救援协会儿科分会副会长、中国医师协会儿童重症医师分会常务委员、中国医师协会儿童创伤急救与外科危重症专委会主任委员、中华医学会急诊医学分会儿科学组委员、中国医师协会体外生命支持专委会儿科学组委员、中国医师协会儿科医师分会急救学组委员等国家级学术任职人员多名，有美国AHA儿科基础和高级生命支持培训导师1名，是深圳市儿科临床质控中心副主委单位。
科室拥有多台/套先进医疗设备近1000万元：有创呼吸机6台、无创呼吸机20台、小儿纤支镜系统3套、肺功能系统、床旁超声仪、经皮二氧化碳监测系统、NO吸入治疗系统、婴儿培养箱及多功能抢救台30余台、危重新生儿转运暖箱1台。拥有医学教学高仿真模拟人教学系统、新生儿洁净监护病房等。
目前儿科开设有儿科门诊、急诊和住院病房。病房包含普儿病区、新生儿病区、NICU病房，床位共72张。业务范围涵盖新生儿、小儿呼吸、内分泌、儿童保健、高危儿随访、心血管、神经、消化及其他专业疾病的诊断与治疗。开设有多个特色专科门诊，包括过敏/慢性咳嗽/哮喘专科门诊、儿童矮小/性早熟门诊、婴幼儿血管瘤门诊、儿童过敏营养专科门诊、儿童保健门诊、高危儿随访门诊以及婴儿运动TIMP评估门诊等。具备儿童支气管镜、小儿肺功能检测、过敏原检测及脱敏治疗、过敏性疾病精准治疗及多学科合作、换血治疗、骨龄测定、小儿康复等多种先进诊疗手段。新生儿专科除对新生儿常见疾病有较高的诊疗水平以外，对极/超早产儿、超低出生体重儿的综合救治、新生儿窒息复苏、胎粪吸入综合征、新生儿呼吸窘迫综合征、新生儿败血症、新生儿重度高胆红素血症等危重症均具有较高的救治水平。
儿科为国家住院医师规范化培训专业基地及全科医师培训基地，拥有多名经验丰富的带教老师。基地多次被评为医院优秀教研室，屡次获得住培病例分析大赛、优秀病案比赛一等奖等。拥有国家级、省市级优秀带教老师多名。每年承担各大学医学院校大量本科实习医师的培训带教工作。获国家级、省市级多项科研立项，每年在国内外核心期刊发表学术论文多篇。多次主办高质量的儿科学术会议。
未来，儿科人将以北京大学深圳医院高质量发展为契机，以信息化为龙头，以疑难危重症疾病、新生儿、呼吸、儿保、神经康复等疾病诊治为重点，强化国内外区域医疗及科研合作，深入专科发展，不断提升综合医疗及服务水平，打造患者信赖的先进科室。