北京大学深圳医院儿科成立于1999年，随医院开业正式创建，长期负责深圳市及周边地区广大儿童主要的医疗救治任务。经过20余年积淀和潜心发展，儿科目前已成为集医疗、教学、科研、康复为一体的临床综合性科室，为高水平医院重点建设科室。
科室现有医生27人、护理人员40人。其中主任医师9人，副主任医师8人，博士5人，硕士14人，全部来自全国重点医学院校。有儿科学教授/副教授3名。科室中多人在机构国家级学术任职，有美国AHA儿科基础和高级生命支持培训导师1名。
科室拥有多台/套先进医疗设备近1000万元：有创呼吸机5台、无创呼吸机20台、小儿纤支镜系统、肺功能系统、无创血流动力学监测仪、床旁B超仪、经皮二氧化碳监测系统、NO吸入治疗系统、婴儿培养箱及多功能抢救台30余台、长颈鹿暖箱、危重新生儿转运暖箱、医学教学高仿真模拟人教学系统、新生儿洁净监护病房等。
目前儿科开设有儿科门诊、急诊和综合病房。病房包含普儿病区、新生儿病区、NICU病房，床位共72张。业务范围涵盖了小儿呼吸、新生儿、内分泌、神经康复、心血管、儿保、血液、肾脏、消化、风湿及其他专业疾病的诊断与治疗。开设有多个专科特色门诊，包括过敏/咳嗽/哮喘专科门诊、儿童矮小/性早熟门诊、婴幼儿血管瘤门诊、儿童过敏营养专科门诊、儿童保健门诊、高危儿随访门诊及早期识别婴儿运动障碍的TIMP评估门诊等。具备儿童支气管镜、小儿肺功能检测、过敏原检测及脱敏治疗、过敏性疾病精准治疗及多学科合作、骨龄测定、小儿康复等多种先进诊疗手段。新生儿专科除了对新生儿常见疾病有较高的诊疗水平以外，对极/超早产儿、超低出生体重儿的综合救治、新生儿窒息复苏、胎粪吸入综合征、新生儿呼吸窘迫综合征、新生儿败血症、新生儿重度高胆红素血症等危重症均具有较高的救治水平。
未来，儿科人将以北京大学深圳医院高质量发展为契机，以信息化为龙头，以疑难危重症疾病、新生儿、儿保、神经康复及罕见病等的诊治为重点，强化国内外医疗及科研合作，深入专科发展，不断提升综合医疗及服务水平，打造患者信赖的先进科室。