北京大学深圳医院疼痛科于2017年成立门诊，是全国较早成立疼痛门诊的医院之一，年门诊量达1.8万余人次。疼痛科病房成立于2018年，年出院患者人数达1300余人次。目前设病床20张、门诊诊室（2间）、治疗室（2间）。现有专职医生10人，有主任及副主任医师3人，硕士研究生导师1名，其中博士学位4名，硕士学位4名。护士16人，副主任护师1人，主管护师9名，护师3名，护士3名。
临床诊疗项目如下：
1．病理性神经痛（带状疱疹神经痛、三叉神经痛、舌咽神经痛、肋间神经痛、糖尿病性神经痛、复杂性区域疼痛综合征等）；
2．脊柱源性疼痛（颈椎病、腰椎间盘突出症、颈源性头痛等）；
3．肌肉筋膜软组织痛（肩周炎、腰背肌劳损、网球肘、腱鞘炎等）；
4．头面痛（偏头痛、紧张性头痛、丛集性头痛、颞颌关节炎等）；
5．关节痛（膝骨关节炎、髋关节炎、骶髂关节炎、踝关节炎、强直性脊柱炎、类风湿性关节炎、痛风等）；
6．癌性疼痛；
7．全身痛（骨质疏松症、纤维肌痛症、躯体化障碍等）；
8．非痛性疾病（过敏性鼻炎、面神经炎、面肌痉挛、顽固性呃逆、睡眠障碍、植物神经功能紊乱等）。
疼痛科以影像学引导下的微创介入手术为核心技术治疗各种慢性疼痛，具有精准、安全、可视化的技术特色。目前开展各种神经射频术、椎间孔镜下的椎间盘摘除术，椎间盘等离子射频消融术、脊髓电刺激植入术、鞘内泵植入术、交感神经射频毁损术，三叉神经半月节射频术及微球囊压迫术等多种国内先进的手术和技术。同时开展超声引导下各关节及肌肉组织的注射治疗、医用三氧自体血治疗、富血小板血浆治疗、肌肉触发点针刺治疗、小针刀、内热针、浮针、颊针、神经阻滞、体外冲击波等。
科室配备先进的DSA手术室、椎间孔镜手术系统、射频治疗仪、低温等离子体多功能手术系统、多款超声仪、意大利PANAGI冲击波治疗系统、德国卡特臭氧发生器、内热针治疗仪、日本超短波治疗仪等大型疼痛诊疗设备。