北京大学深圳医院呼吸与危重症医学科在1999年建院时成立，最初命名为呼吸内科，2003年批准成为硕士学位授权学科，于2019年更名为呼吸与危重症医学科。2019年评为国家呼吸与危重症医学创建优秀单位，是深圳2家优秀单位之一。
呼吸与危重症医学科现有2个病区，固定床位58张，其中附设呼吸门诊综合诊疗中心、睡眠呼吸疾病诊疗中心、呼吸内镜室、肺功能室、光动力暗室，呼吸重症监护病房床位8张。科室亚专科门类齐全，有气道慢性疾病、睡眠呼吸疾病、呼吸介入、肺癌、肺间质病、肺血管病等亚专科方向。
呼吸与危重症医学科拥有一个优秀的医疗、科研和教学团队。目前有医护人员共40人, 有主任医师/教授6人，副主任医师/副教授7人，主治医师3人，住院医师2人，其中获医学博士学位者6人,硕士3人，在站博士后1人，护理人员20余人。拥有国及国内先进的抢救及检查设备，包括有创与无创呼吸机、多种型号支气管检查治疗镜、超声支气管镜、支气管镜导航系统，胸腔镜、冷冻治疗仪、激光刀，电刀，经鼻高流量氧疗机、除颤仪等。
呼吸与危重症医学科逐渐形成以慢性气道疾病（哮喘和慢性阻塞性肺疾病）、介入呼吸病（支气管镜与胸腔镜）、肺部感染性疾病、肺癌等为主的学科特色。在慢性气道疾病方面，针对哮喘和慢性阻塞性肺疾病的诊治，开展了一系列临床和基础研究，是全国慢病管理标杆医院，在介入呼吸病学方面开展了无痛支气管镜与气管插管全麻技术，超声支气管镜检查以及淋巴结穿刺活检（EBUS+TBNA），经支气管镜介入治疗技术，包括光动力、高频电刀、冷冻、激光、氩气刀、球囊扩张、支架植入、封堵器置入、支气管热成型、内科肺减容等气道腔内介入治疗，缓解肿瘤、异物、感染等导致的良恶性气道狭窄，开展慢阻肺哮喘的呼吸介入治疗，参与制定国家级呼吸内镜专家共识；开展了内科胸腔镜诊治技术，帮助胸膜腔疾病患者获得了正确的诊断和治疗。
未来，科室将不断增强临床与科研实力，重点培育2-3个优势学科群和前沿技术开展，重点发展呼吸慢病诊治技术及管理、睡眠呼吸疾病的综合诊治、肺结节-肺癌一体化诊疗中心建设，积极参与省市级重大疾病防控体系建设、成为本地区该领域的领先单位。