北京大学深圳医院急诊科是医院最早成立的临床科室，创建于1999年，具备院前急救、急诊内科、急诊外科、急诊抢救室、急诊手术室、留观输液区、急诊病房、创伤病房、EICU等功能区组，打造“一站式”急诊急救大平台，创建集院前急救、院内急诊、EICU于一体的综合急救医疗模式，以胸痛、卒中、创伤、中毒和其它危重症、疑难病救治为主，全面开展急诊医学各项工作。
急诊科配置有普通监护型救护车、负压救护车、无创和有创呼吸机、监护型除颤仪、心脏起搏器、心电图机、洗胃机、B超机、床边X线机、移动CT、ECMO、床旁连续性血液净化设备、多功能监护仪、骨髓腔穿刺针、患者升温系统和输液泵等急救设备。有独立的急诊检验室、急诊B超室、急诊药房、标准急诊手术室和杂交手术室。
以急诊为平台，设置抢救生命的“急性脑卒中、胸痛救治、创伤救治、危重孕产妇和新生儿及儿童”红区快速反应绿色通道，业务范围涵盖急诊医学领域内全部疾病及技能操作，科室开展高级生命支持技术、POCT、CRRT、急诊超声、PICCO、支气管镜、ECMO等急救操作，急危重症患者在急诊得到快速、精准的一体化救治。另外还开设了儿科、妇产科、皮肤科、眼科、口腔科和耳鼻喉科等专科急诊，主要承担医院非办公时间内大量门急诊及危重症的抢救诊疗任务。整个病区面积达3000余平方米，留观床位23张、急诊EICU病床8张，急诊病房25张，标准手术室1个，坐式输液单元37张，救护车8台，救护车年出诊5000余次，年急诊量18万余人次，年抢救病人10000余例，年创伤接诊13000余例。
急诊科是深圳市优势医学重点学科、深圳市急救培训基地、急诊科专业住院医师规范化培训基地，承担市内公众紧急救援、突发事件应急救治任务，除临床外，急诊科在科研教学方面也发挥着积极的作用，在心肺复苏、重症肺炎、中毒、创伤及动物致伤等领域进行了深入研究。
急诊科坚持以临床为根本，解决急危重症为特色，视急诊医疗安全和质量为生命，致力打造具备合理人才梯队和临床应急能力的专业平台。